Die erste Orgel der Kreuzkirche wurde 1736, noch während der Bauzeit der Kirche, als gebrauchtes Instrument aus dem Tecklenburger Schloß übernommen. Sie hatte 7 Register auf einem Manual. Mit ihr konnte die Kreuzkirche zu Ostern 1737 schon unter Orgelklängen eingeweiht werden.
Im September 1791 erhielt die Kirche eine neue, größere Orgel des Orgelbauers Johann Friedrich Wenthin aus Emden mit 16 Registern auf 2 Manualen und angehängtem Pedal.
1880 bauten die Gebrüder Rohlfing aus Osnabrück eine neue Orgel mit 15 Registern und selbständigem Pedal. Diese wurde im September 1930 um 3 Register erweitert und auf die heutige Orgelempore umgesetzt.
Die heutige Orgel wurde von dem renommierten Orgelbauer D.A. Flentrop aus Zaandam (NL) nach dem Vorbild der “Norddeutschen Barockorgel” erbaut und am 14. Juni 1959 geweiht. Sie enthält 21 Register auf Hauptwerk, Brustwerk und Pedal und stellt nach allgemeinem Urteil eine der schönsten und besten Orgeln im Emsland dar. Im Zuge der letzten Kirchenrenovierung wurde sie im Sommer 1999 erstmals ausgereinigt und nachintoniert.
Sie erklingt regelmäßig im Gottesdienst und in den “Lingener KreuzKirchenKonzerten”.
| I. Hauptwerk | II. Brustwerk | Pedal | |||
| Prinzipal | 8' | Gedackt | 8' | Bordun | 16' |
| Rohrflöte | 8' | Koppelflöte | 4' | Oktave | 8' |
| Oktave | 4' | Prinzipal | 2' | Nachthorn | 4' |
| Flöte | 4' | Sesquialtera | II | Rauschpfeife | 2' III |
| Nasat | 2 2/3' | Scharf | 1/2' II-III | Fagott | 16' |
| Flachflöte | 2' | Vox Humana | 8' | Trompete | 4' |
| Mixtur | 1 1/3' IV | -Tremulant | |||
| Dulcian | 16' | ||||
| Trompete | 8' (horizontal) | ||||
| Schleifladen, Brustwerk durch Türen verschließbar |
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